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近幾年,單細胞測序是比較熱門的研究方向。但是,理想很豐滿,現實卻很骨感。要做好單細胞測序,還要面臨單細胞獲取困難、起始量低、人工操作誤差大的問題。
 
Takara推出單細胞測序的技術專題,從單細胞獲取、到測序文庫制備 ,“手把手”告訴大家怎么選擇,盡可能使大家避開“雷區”,輕松得到準確的單細胞分析結果。同時這個專題全面覆蓋單細胞轉錄組、單細胞全基因測序,單細胞免疫組庫分析,幫助大家根據自己的需要更好的進行選擇。
 
■ 怎么又多又快的獲得想要的單細胞?
 
SMARTer ICELL8cx® Single-Cell System
 
獲得單細胞有很多方法,常見的有手動挑選、激光顯微切割、流式細胞分選等。但這些較為傳統的方法,也因為繁瑣、通量低、細胞活性差等缺點局限了研究人員對單細胞研究的深入探討。SMARTer ICELL8cx® Single-Cell System能夠對大部分細胞種類,簡單、快速、準確挑選出1800個左右活的單細胞。并可根據不同的研究方向,在該系統上直接實現諸如Human TCR a/b profiling、全長轉錄組等測序文庫的構建,打破了傳統方法的局限性。
 
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■ 怎么保證低起始量下獲得高品質文庫?
 
「當您做單細胞轉錄組研究時」
低通量單細胞mRNA分析:SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing
 
NGS技術的出現,使得對RNA的研究變得更為容易,但是對于單細胞進行轉錄組文庫分析,如何獲得高質量的全長cDNA一直是很具有挑戰性的。Takara公司擁有核心專利SMART技術,在2011年即推出了可以高靈敏度在單細胞水平上分析差異表達、融合基因、可變剪接,并提供全長信息的cDNA制備試劑。而升級的SMART-Seq® v4 Ultra® Low Input RNA Kit for Sequencing在原有基礎上引入LNA技術,提升了模板轉換效率,可以檢測到比以往更多的基因。
 
較高通量單細胞mRNA分析:SMART-Seq® HT Kit
SMART-Seq® HT Kit旨在以較高通量的方式從1-100個細胞或10 pg-1 ng總RNA制備高品質的全長cDNA。通過整合為一步的RT和PCR反應,在4小時內便可獲得雙鏈cDNA??!
 
單細胞總RNA分析:SMART-Seq® Stranded Kit
在單細胞水平,想要滿足編碼RNA和非編碼RNA在內的全部轉錄組分析,SMART-Seq® Stranded Kit是非常不錯的選擇。它足夠靈敏,可以單細胞或微量RNA起始;它足夠準確,可以保留鏈來源信息;它足夠包容,降解樣本,也能獲得很好的轉錄組測序文庫!
 
「當您做單細胞全基因組研究時」
單細胞全基因組擴增:SMARTer® PicoPLEX® Single Cell WGA Kit
 
對于單細胞全基因組的研究,僅含有皮克級DNA的單細胞來說,量少而難以直接進行文庫構建。因此需要先對單細胞中的DNA進行高質量的擴增。SMARTer® PicoPLEX® Single Cell WGA Kit采用“隨機引物引發線性擴增”+“發夾結構”在3小時內,僅需三步即可實現高再現性的全基因組擴增,在全球被IVF行業供應商信賴并用于胚胎植入前遺傳學篩查和診斷(PGS/PGD)。
 
單細胞DNA文庫構建:SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
由于NGS技術的迅速發展,使得對單細胞全基因組研究更為廣泛和成熟。不過目前對于單細胞全基因組的文庫構建,更多的方法是先進行單細胞全基因組擴增,再進行DNA文庫構建兩步走的方式,整個操作復雜,稍有不慎就很可能需要重頭再來,讓人頭痛不已。SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit,這款試劑盒將單細胞全基因組擴增和DNA文庫構建兩步整合在一起,只需四步三小時,便可完成單細胞到全基因組測序文庫的華麗變身!
 
「當您做單細胞免疫組庫研究時」
目前,對T細胞受體(TCR)的常用方法是對bulk細胞的TCR CDR3區域進行測序。而采用SMARTer® Human scTCR a/b Profiling Kit構建TCR文庫的優勢在于:可以對單個T細胞進行分析,確定T細胞群內特定的alpha-beta 受體鏈配對信息。這也是以bulk細胞為依托的傳統研究手段所無法比擬的。
 
■ 怎么減少手動操作所帶來的偏差?
 
SMARTer Apollo library prep system introduction
 
對于操作精度要求很高的單細胞層面分析,就算采用了優異的單細胞文庫構建試劑,操作也很熟練,但在對多個樣本進行同時分析時,難免會因為長時間手動操作所帶來的偏差,使得樣本間單細胞分析結果的準確性、一致性有所折扣。 為此,Takara公司推出的SMARTer Apollo library prep system introduction,在配套了SMART-Seq v4單細胞cDNA制備Kit后,可高效、可靠、自動化制備多達96個單細胞樣品的cDNA用于后續的NGS分析,降低了手動操作時間,減少了實驗誤差,獲得了更準確的結果。